中国科学院南海海洋研究所（South China Sea Institute of Oceanology, CAS）是研究热带海洋为主的综合性海洋研究所。位于广州。创建于1959年初，1962年改为中国科学院海洋研究所南海分所，1966年恢复为中国科学院南海海洋研究所。
所情概况
中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是我国规模最大的综合性海洋研究机构之一，已进入中国科学院知识创新工程试点序列。现有职工388人，研究员47人，博士导师43人，中科院“百人计划”11人，“国家杰出青年基金”2项。拥有海洋科学博士后流动站，海洋生物学、物理海洋学、海洋地质学博士学位授予点和6个硕士学位授予点，在学研究生234人，博士后和客座流动专家30余人。
重点研究热带半闭合型边缘海海洋水-地-生（物）圈层结构及其相互作用特征与演变规律，探讨其对资源形成和环境变化的控制和影响，发展具有南海特色的热带海洋资源与环境过程理论体系和应用技术。根据我国实施“科技兴海”战略和维护海洋权益的需求，以南海区域海洋过程的理论创新为重点，推动海洋应用技术的重大突破，开展海洋矿产资源勘查、海洋生物资源开发利用、海洋工程环境与军事环境评价和预测等方面的社会可持续发展的重大科学问题研究，并促进应用开发和成果转化，为国家发展海洋经济和维护海洋权益作出基础性、战略性和前瞻性的重大贡献。
重点学科领域
热带海洋环境动力过程、边缘海地质演化、热带海洋生物资源可持续利用。
基础研究主要集中在中科院热带海洋环境动力学重点实验室、中科院边缘海地质重点实验室、中科院热带海洋生物可持续利用重点实验室、广东省/中科院应用海洋生物学重点实验室及广东省海洋药物重点实验室；应用基础研究和高技术创新研究主要集中在4个学科研究室（物理海洋、海洋环境与生态、海洋地质和应用海洋生物研究室）和科技产品开发中心；环境调查、环境评价和工程勘察等咨询服务主要集中在海洋环境工程中心。
拥有4个野外台站
海南热带海洋生物实验站(国家野外重点试验站和中国生态系统研究网络“CERN”站)、大亚湾海洋生物综合实验站(中科院开放站和中国生态系统网络研究“CERN”重点站)、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站。并拥有“实验2号”、“实验3号”两艘大型海洋科学考察船以及正在建造的一艘新型小水线面双体综合科学考察船，还拥有热带海洋生物标本馆和信息中心。
近半个世纪以来，我所共取得科研成果540余项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖220余项；申请专利95项，获授权专利33项；近年来发表SCI论文近200篇。典型代表性成果：南沙群岛及其邻近海区资源环境和权益综合调查研究等。目前主持、承担973、863、国家基金项目等200余项。与40多个国家和地区建立了学术联系与合作，每年承担咨询或院地合作项目50余项。
我所是全国海洋科研机构首家获得ISO9002质量体系认证的科研单位，拥有国家“建设项目环境影响评价资格证书(甲级)”、“海域使用可行性论证资格证书(甲级)”、“海洋专项工程勘察甲级证书”、“计量认证资质证书”等。我所是中国海洋学会海洋物理分会、广东海洋湖沼学会、广东海洋学会等的依托单位。编辑出版《热带海洋学报》(核心期刊)。曾获广州市“文明单位”和广东省直系统“文明单位”。